Ich denke das es, neben den Kosten auch zu großen Teilen ein "Glaubenskrieg" ist, war bei mir nicht anders. Als ich vor gut 10 Jahren hier angefangen hatte, musste ich zwingend meinen "MCSE" machen (da war XP noch das Arbeitssystem

). Heute werden die Leute angehalten LPI und ähnliches zu erlangen.
Macken, Vor- und Nachteile findet man bei allen Systemen. Es kommt immer darauf an, was man machen will und wozu man ein System braucht.
In einer reinen Linuxumgebung, ist gerade das Netzwerk ein echter Traum. Angefangen bei der Authentifizierung bis hin zum einbinden von Netzwerklaufwerken und Diensten. Mit unter nicht ganz so leicht einzurichten wie bei Windows, aber wenn es mal läuft, dann läuft es auch. Auch das einfache "Scripten" kann das leben stark erleichtern.
Ein Linuxsystem würde z.B. auch nicht auf die Idee kommen einfach mal nach einem automatischen Update einen Rechner neu zu starten. Ist mir mal passiert, nur das der Rechner über Nacht einen Film konvertieren sollte...
War eine tolle Überraschung am nächsten Morgen.
Auch das es Linuxsystemen ziemlich egal ist, wo Daten wirklich physikalisch liegen, hat in der Netzwerkpraxis viele Vorteile. So werden bei den Arbeitsplatz PCs, große Teile der Systeme von einem "globalen Ort" (Server) beim booten gemountet. So können alle Systeme leicht gepflegt werden usw.
Nach jetzt gut 3 Jahren Praxis kann ich sagen, das unser gesamtes System besser und stabiler läuft als zu Windowszeiten (Diese Tatsache hat eine nicht unerhebliche Lücke in meinen Weinkeller gerissen). Auch was das tägliche Arbeiten mit USB Sticks usw, angeht gibt es keine Probleme.
Klar, wird hier bei der Anschaffung von neuer Hardware darauf geachtet das diese unter Linux vernünftig unterstützt wird. Aber ich würde das nicht als Nachteil, sondern ehr als Selbstverständlichkeit verstehen.
Für echte Problemfälle kann man sich ja Windows in einer VM installieren (bringt openSuse fix und fertig mit) und Windows im Fenster laufen lassen. So dauert der Neustart auch nicht so lange...
Die Wahl der Distri ist hier aus diversen Gründen auf openSuse gefallen und wird es auch, nach neuen Tests mit anderen Distris bleiben. Gerade was die Desktopanwendungen und wine angeht, klappt hier alles mit geringen Aufwand sehr gut.
Auch das von vielen so verteufelte Yast, kann gerade für Neuumsteiger eine echte Erleichterung sein. Gerade weil es stark an die Windows Systemsteuerung erinnert. Warum sollte es sich auch ein Einsteiger unnötig schwer machen?!
Wenn man sich mal an das grundsätzliche Arbeiten unter Linux gewöhnt hat, kann man (wenn man es denn möchte) immer noch auf andere Distris gehen.
Änderungen können auch wenn man gelegentlich Yast verwendet direkt in den Configs gemacht werden.
Ich habe vor kurzem openSuse 13.1 auf meinem privaten "Acer Aspire V3-771G-53218G50Maii" installiert, hier gab es gar nichts zu fummeln. Konnte sogar meine Config meines Arbeitsrechners übernehmen (Home-Dir) (Aussehen Desktop und Einstellungen von Emails, Webbrowser, FTP, usw.).
Es hat alles Vor- und Nachteile. Und nicht für alles und jeden gibt es Lösungen von der Stange. Wichtig ist nur das man für sich das richtige System findet. Was das ist, muss jeder selbst wissen.